华北制药建立了一整套较为科学的管理制度和程序，初步形成了较为完善的技术创新体系，以华北制药集团新药研究开发有限责任公司（新药公司）为核心在内部三个层次上开展技术创新工作。
通过资源整合，一级研发以新药公司为主。它建立了专业突出、分工明确的小试实验室和中试基地，承担着对公司发展战略有重大影响的中长期科研开发项目和公共技术平台建设，以及基础应用研究。此外，一级研发还负责项目立项、小试、中试、生产转化以及产品上市后的技术支持，同时也参与相关药品的注册工作和生产性试验工作。此外，一级研发还致力于引进技术的消化吸收和再创新，以满足生产对新技术的要求，并为成果转化提供桥梁作用。一级研发机构还为二、三级研发机构提供技术指导。
三级研发以车间实验组为主，致力于解决生产瓶颈问题。它的主要任务是进行生产试验和改进生产工艺，重点解决日常生产过程中的生产工艺和产品质量问题，以提高生产指标、降低成本和提高产品质量为目标。
二级研发以组建的链式专业化公司的研发机构为主。它的主要工作是在短期内能够实现产业化的新产品开发，以及新技术的引进、消化、吸收和再创新。
三级研发机构之间相互支撑，实现资源共享，建立了完整的“新药和新技术原始创新—新产品研制开发—中试研究—产业化”的技术体系。
